Perkembangan budidaya ikan nila dimulai pada tahun 1969 sejak dimasukkan pertama kali dari Taiwan. Dalam rangka peningkatan produktivitas budidaya ikan nila serta penyediaan sumber genetik baru, pada tahun 1981 Indonesia kembali mengintroduksi ikan nila dari Thailand dengan nama red NIFI (National Inland Fishery Institute). Karena perkembangan ikan nila belum memenuhi target produksi yang diharapkan, maka pada tahun 1995 ikan nila GIFT (Genetic improvement of Farmed Tilapia) generasi ke 3 dari Filipina kembali diintroduksikan ke Indonesia melalui Balai Penelitian Air Tawar. Pada tahun 1997 kembali didatangkan ikan nila GIFT generasi ke 6 yang lebih unggul daripada generasi sebelumnya.Penyebaran ikan nila sangat cepat didukung dengan kecepatannya bereproduksi dan memiliki kemampuan yang baik untuk beradaptasi dengan lingkungan yang baru sehingga ikan ini mudah menyebar dan menjadi primadona perikanan tawar. Dampak negatifnya adalah terjadinya silang dalam yang berakibat pada menurunya kualitas genetik ikan sehingga menyebabkan menurunnya performa baik pertumbuhan, daya tahan terhadap penyakit maupun kemampuan beradaptasi terhadap perubahan lingkungan.Untuk mengatasi penurunan kualitas genetik ikan nila dapat dilakukan program pemuliaan dengan sasaran akhir untuk mendapatkan induk unggul. Strategi yang dapat dilakukan untuk memperbaiki mutu genetik suatu populasi ditentukan dengan keragaman genetiknya. Oleh karena itu informasi keragaman genetik merupakan informasi dasar yang harus diketahui sebelum suatu program perbaikan mutu genetik diharapkan berjalan efektif.Pengukuran keragaman genetik ikan dapat dilakukan berdasarkan karakter fenotifnya. Studi keragaman genetik berdasarkan karakter fenotif diantaranya dapat dilakukan dengan megukur morfologi ikan. Metode pengukuran morfologi telah dilakukan untuk mengukur keragaman fenotipe pada ikan mas dan ikan nila. Walaupun teknik pengukuran keragaman genetik telah maju, tetap pengukuran keragaman genetik dengan metode pengukuran morfologi tetap dibutuhkan karena sifat-sifatnya bisa langsung dilihat, mudah dilakukan tanpa fasilitas yang rumit serta lebih murah biayanya dibanding dengan pengukuran karakter genotipenya Karakter fenotipe warna tubuh benih ikan nila yang diukur (n 590) memiliki sebaran persentase yang mengikuti pola observe. Berdasarkan expected genotype pola keragaman warna ikan nila adalah hitam (147.5), merah (290) dan Putih (147.5). Apabila observe dan expected tidak signifikant berarti sangat sesuai dengan proporsi genetik dan fenotipe.Observe merupakan hasil pengamatan karakter fenotipe yang tampak pada tubuh ikan terutama warna. Warna ikan nila dikontrol oleh gen gen tertentu seperti Heterozigot (Rr) mengontrol warna merah, Homozigot dominan (RR) mengendalikan warna putih dan Homozigot resisif (rr) menampakkan warna merah pada tubuh ikan nila. Karena dikontrol oleh alel tertentu maka fenotipe warna dapat dihitung berdasarkan perkawinan alel alel tersebut yang dinyatakan dengan nilai expected. Bila didapatkan nilai observe dan expected suatu sampel tidak memiliki perbedaan yang signifikan maka asumsi genotipenya sesuai dengan kenyataan.Salah satu cara untuk mengetahui keragaman genetic adalah dengan mempelajari perbedaan fenotipenya. Fenotipe ialah bentuk luar atau bagaimana keny
ataannya karakter yang dikandung oleh suatu individu, sedangkan fenotipe ialah setiap karakter yang dapat diukur atau sifat nyata yang dipunyai oleh organisme.Fenotipe kualitatif adalah fenotipe, seperti warna, jenis kelamin, atau pola skala. fenotipe kualitatif adalah sangat mudah untuk diamati karena merupakan kategori diskrit, deskriptif dan tidak tumpang tindih dengan yang lain. Sebagai contoh, jika ada ikan biru dan kuning dalam suatu populasi, baik individu ikan jatuh ke biru atau ke dalam kategori kuning.Warna tubuh ikan nila dipengaruhi oleh aksi gen dominan sempurna yang membuat alel dominan sangat kuat untuk menghasilkan fenotipe. Hanya alel dominan tunggal yang dibutuhkan untuk menghasilkan petife dominan. Fenotipe warna ikan nila dikontrol oleh gen dominan. Pasangan homozigot dominan akan menghasilkan fenotipe warna putih, heterozigot dengan warna hitam dan kombinasi gen resisif menampakkan fenotipe warna merah. Fenotipe merupakan hasil interaksi antara genotype dengan lingkungan serta merupakan bentuk luar atau sifat-sifat yang tampak. Genotipe menentukan sampai dimana tercapai potensi itu. Fenotipfe tidak bisa melewati kemampuan atau potensi genotype .Persentase keragaman warna ikan nila yang diukur mengikuti pola expected diduga bahwa jumlah pasangan induk yang menghasilkan benih ikan nila lebih dari 25 pasang induk. Jumlah pasangan induk dalam proram seleksi sangat penting untuk mempertahankan heterosigositas (tanda kebugaran dari suatu populasi) dan menghindari inbreeding.Silang dalam merupakan perkawinan bersama individu-individu yang sekerabat, sehingga menyebabkan munculnya gen-gen resesif yang merugikan, yang sebelumnya tertutupi oleh alel-alel dominan pada heterozigot. Silang dalam dapat menyebabkan depresi inbreeding yang berakibat pada menurunnya kesuburan, vigour dan kesehatan ikan yang pada gilirannya menyebabkan penurunan morfologi akibat dari meningkatnya frekuensi homozigot untuk alel resesif. Fenomena ini dicirikan dengan stabilitas perkembangan yang rendah dan ditandai dengan meningkatnya individu yang abnormal. Hal ini ditandai dengan perbedaan bentuk, ukuran, jumlah dan ciri-ciri morfologi yang lain pada organ yang berpasangan. Inbreeding terjadi akibat perkawinan antara individu-individu yang sekerabat yaitu berasal dari jantan dan betina yang sama induknya dan pada varietas yang sama. Inbreeding akan menghasilkan individu yang homozigositas. Kehomozigotan ini akan melemahkan individu-individunya terhadap perubahan lingkungan. Homozigositas ini berarti hanya ada satu tipe alel untuk satu atau lebih lokus. Selain itu silang dalam akan menyebabkan penurunan kelangsungan hidup telur dan larva, peningkatan frekuensi ketidaknormalan bentuk dan penurunan laju pertumbuhan ikan. Silang dalam menyebabkan heterozigositas ikan berkurang dan keragaman genetik menjadi rendah.