Phytoplankton yang hidup di dalam perairan ini akan memberikan warna yang khas pada perairan tersebut seperti berwarna hijau, biru atau coklat. Hal ini dikarenakan didalam tubuh phytoplankton terdapat zat warna atau pigmen.
Zat warna atau pigmen phytoplankton diklasifikasikan, yaitu :
- Warna biru (Fikosianin)
- Warna hijau (Klorofil)
- Warna pirang (Fikosantin)
- Warna merah (Fikoeritrin)
- Warna kuning (Xantofil)
- Warna keemasan (Karoten)