Menurut Menag, susah untuk mengaitkan Pesantren Al Zaytun dengan NII karena dari segi pengelolaan gedung, pendidikan, biaya pendidikan dan manajemen sudah menggunakan sistem yang modern.
Lebih lanjut Menag mengatakan, saat dirinya berkunjungan ke Pesantren Al Zaytun, ia sempat melakukan dialog dengan pendirinya yakni Panji Gumilang. Oleh karena itu, atas dasar hal tersebut pihaknya menyatakan bahwa sulit untuk menyatakan bahwa ada keterlibatan antara NII dengan Pondok Pesantren Al Zaytun di Indramayu, Jabar.
Suryadharma Ali menambahkan, pandangannya tentang Pesantren Al Zaytun juga merupakan sebuah konfirmasi terhadap hasil penelitian yang dilakukan oleh Litbang Kementerian Agama tahun 2002 tentang keterlibatan Pesantren Al Zaytun dengan NII. Pihaknya juga meminta tidak mau gegabah dalam memberikan penilian bahwa Al Zaytun ada kaitannya dengan NII karena masalah alumni atau lulusannya. (republika)
