Program ini merupakan bagian dari Direktorat Tata Ruang Laut Pesisir dan Pulau-Pulau Kecil Ditjen KP3K. Programnya berada di seputar pengelolaan kelautan, pesisir dan pulau-pulau kecil secara optimum dan lestari bagi kesejahteraan masyarakat. Penataan ruang berusaha menfasilitasi terwujudnya penataan ruang untuk kepentingan dan kepastian hukum bagi pembangunan di wilayah laut, pesisir dan pulau-pulau kecil.

Selain itu hal strategis lainnya yang mejadi program penataan ruang adalah memperbaiki sistem pengelolaan pesisir dan lautan untuk keseimbangan antara pemanfaatan dan pelestarian sumber daya dan lingkungan. Termasuk mendorong pertumbuhan investasi pulau-pulau kecil yang berkelanjutan dan berbasis masyarakat.

Belum tersedianya tata ruang dan zonasi yang disepakati semua pemangku kepentingan sebagai pedoman untuk mengatur pemanfaatan sumber daya dan ruang secara memadai, turut memperparah kondisi pengelolaan dan pemanfaatan sumber daya laut, pesisir dan pulau-pulau kecil.

Beberapa kegiatan perikanan, seperti praktek penangkapan ikan yang tidak ramah lingkungan, pengembangan kawasan budidaya yang tidak memperhitungkan tata ruang dengan mengkonversi ekosistem mangrove, penambangan pasir laut, penambangan karang, telah memunculkan degradasi ekosistem pesisir dan laut dan pada gilirannya mengancam kelestarian sumberdaya kelautan dan perikanan. Isu-isu tersebut menjadi perhatian besar program penataan ruang.