Direktorat Pesisir dan Lautan mempunyai tugas pokok dan fungsi mengelola wilayah pesisir dan memanfaatkan sumberdaya kelautan. Pemanfaatan sumberdaya pesisir dan lautan pada saat ini menjadi andalan bagi bangsa Indonesia dalam pemulihan ekonomi. Sesuai dengan era otonomi daerah dan desentralisasi, maka pengelolaan sumberdaya pesisir dan lautan akan lebih banyak didelegasikan kepada pemerintah daerah.

Isu dan permasalahan di wilayah pesisir antara lain: konflik pemanfaatan ruang dan kewenangan di wilayah pesisir; mayoritas masyarakat pesisir tergolong miskin, dengan tingkat pendidikan rendah, dan pertumbuhan penduduk tinggi; degradasi ekosistem: terumbu karang berada dalam kondisi sangat buruk dan deforestasi mangrove; pencemaran wilayah pesisir dan laut; penurunan populasi ikan dan punahnya beberapa spesies perikanan.

Berdasarkan isu dan permasalahan serta kondisi wilayah pesisir dan lautan seperti tersebut di atas, pemanfaatan sumberdaya pesisir dan lautan secara optimal dan berkesinambungan dapat terwujud apabila pengelolaannya dilakukan secara terpadu dengan menerapkan prinsip-prinsip pembangunan berkelanjutan. Oleh karena itu, Direktorat Pesisir dan Lautan, sesuai dengan tugas dan fungsinya, secara bertahap melakukan upaya: